潛伏感染是指組織內(nèi)僅有人類乳頭瘤病毒的脫氧核糖核酸，而無(wú)臨床和組織學(xué)的異常，亦即臨床上不但肉眼見(jiàn)不到疣體，而且組織病理上未發(fā)現(xiàn)有尖銳濕疣的變化。醋酸白試驗(yàn)也無(wú)從入手。即使能做，也是陰性的，只有用高度敏感的檢測(cè)方法，才能檢到局部的人類乳頭瘤病毒脫氧核糖核酸。
人類乳頭瘤病毒的潛伏可能是通過(guò)正常皮膚上皮裂隙而感染基底細(xì)胞，并以潛伏狀態(tài)居住于基底細(xì)胞。人類乳頭瘤病毒異質(zhì)性及其在人群中廣泛分布明顯地提示，病毒進(jìn)化促進(jìn)其適應(yīng)各種細(xì)胞內(nèi)和細(xì)胞外宿主防御機(jī)制，而這些機(jī)制控制人類乳頭瘤病毒感染與人類乳頭瘤病毒相關(guān)性皮膚、黏膜腫瘤的進(jìn)展有關(guān)。細(xì)胞內(nèi)控制機(jī)制的存在可解釋原發(fā)性人類乳頭瘤病毒感染與人類乳頭瘤病毒腫瘤進(jìn)展方向的長(zhǎng)久潛伏期。細(xì)胞內(nèi)控制機(jī)制及局部與系統(tǒng)性免疫監(jiān)視作用不僅說(shuō)明了無(wú)癥狀個(gè)體人類乳頭瘤病毒潛伏感染的原因，而且解釋了人類乳頭瘤病毒誘發(fā)的損害為何經(jīng)常出現(xiàn)自發(fā)性消退。至于潛伏多久，極難考證。
無(wú)論人類乳頭瘤病毒的潛伏感染、亞臨床感染和臨床感染，還是亞臨床或和臨床感染的部位、大小、顏色等不同表現(xiàn)，都是人類乳頭瘤病毒感染的一個(gè)動(dòng)態(tài)變化過(guò)程。潛伏感染可發(fā)展到亞臨床感染，亞臨床感染可發(fā)展到臨床感染，潛伏感染也可直接出現(xiàn)臨床感染。相反，臨床感染也可以逐漸消退到亞臨床感染、潛伏感染，甚至消失。由此可見(jiàn)，人類乳頭瘤病毒的臨床感染時(shí)可以有亞臨床感染同時(shí)存在，也可能有潛伏感染同時(shí)存在。至于潛伏感染由于條件有限還是個(gè)未知數(shù)。但臨床和亞臨床感染是最常見(jiàn)到的。