高位肛瘺是指瘺管位于外括約肌深部以上，可分為高位單純性肛瘺(只有一個瘺管)和高位復雜性肛瘺(有多個瘺口和瘺臂)。其中，高位復雜性肛瘺的癥狀主要有：

　　疼痛：平時一般疼痛不明顯。膿液積存于管腔內(nèi)引流不暢時，局部脹痛，并有明顯壓痛，膿液引流后疼痛減輕。

　　腫塊：肛緣索條狀硬塊，常為患者的主訴之一，炎癥急性發(fā)作時外口若封閉，引流不暢時腫塊增大。

　　流膿：膿液多少與瘺管大小、長短及數(shù)目有關(guān)。新形成或炎癥急性發(fā)作期的瘺管膿多、味臭、色黃而濃厚，經(jīng)久不愈的瘺管膿液較少或時有時無。膿液急劇增多，局部膿腫，體溫增高。常因肛瘺炎癥急性發(fā)作或有支管形成。結(jié)核性肛瘺膿液多而清稀，呈米泔水樣，可有干酪樣壞死物。

　　瘙癢：因肛內(nèi)黏液分泌物增多或外口周圍膿液的刺激常致肛門皮膚遭殃或濕疹。