醫(yī)學目前對原發(fā)性三叉神經(jīng)痛的病因仍不清楚，常見有以下幾種學說：

　　血管壓迫學說

　　腦底動脈和小腦上動脈對三叉神經(jīng)根的壓迫是引起疼痛的重要原因，也是三叉神經(jīng)痛的最常見原因;也有人提出，由于頸內(nèi)動脈管的骨頂結(jié)締組織所代替，造成半月神經(jīng)節(jié)腹面與搏動的動脈長期密切接觸使其受壓而產(chǎn)生三叉神經(jīng)痛。

　　骨性壓迫學說

　　有學者提出，三叉神經(jīng)痛是由于三叉神經(jīng)根受到巖骨嵴的壓迫所致。研究發(fā)現(xiàn)，三叉神經(jīng)痛多發(fā)生于絕經(jīng)期后的女性，可能因其骨質(zhì)疏松，顱骨脫鈣，逐步發(fā)生顱底陷入。而顱底陷人是導(dǎo)致三叉神經(jīng)痛的主要因素。

　　缺血學說

　　因三叉神經(jīng)痛多見50歲以上的中老年人，且易合并動脈粥樣硬化及腦缺血。故有人提出，三叉神經(jīng)痛系三叉神經(jīng)節(jié)的神經(jīng)細胞因反復(fù)發(fā)作性缺血而致。

　　中樞病原學說

　　有學者把三叉神經(jīng)痛解釋為丘腦癥候群，類似癲癇發(fā)作。病灶并不在三叉神經(jīng)根、半月神經(jīng)節(jié)或周圍支上，而是由于丘腦—皮層機能障礙和脊髓三叉神經(jīng)核團異常引起的。

　　其他學說

　　有人認為三叉神經(jīng)痛是病灶性或病毒感染所致，故提出感染學說;還有人提出因大多數(shù)患者胃酸減低，蛋白質(zhì)消化不良，產(chǎn)生組織胺或類組織胺物質(zhì)(蛋白際等)，使三叉神經(jīng)過敏性水腫而致三叉神經(jīng)痛的變態(tài)反應(yīng)學說;還有人認為三叉神經(jīng)痛有家族性傾向，推測與遺傳有一定關(guān)系。