《中醫(yī)文獻(xiàn)雜志》前身是《杏苑》雜志，創(chuàng)刊于1956年上海市中醫(yī)文獻(xiàn)館復(fù)館之初。為內(nèi)部刊物，不定期出版。由當(dāng)時館長董廷遙親筆題寫了刊名。 1987年《杏苑》被上海市新聞出版局批準(zhǔn)為正式內(nèi)部刊物，以季刊形式定期出版發(fā)行，更名為《杏苑中醫(yī)文獻(xiàn)雜志》，明確以“繼承發(fā)揚老中醫(yī)學(xué)術(shù)經(jīng)驗，整理研究古今中醫(yī)藥文獻(xiàn)”為辦刊宗旨。隨著該刊在國內(nèi)外的影響日益擴大，作為內(nèi)部刊物已很難適應(yīng)海內(nèi)外中醫(yī)界的要求，在上海市科委和上海市新聞出版局的積極支持下，于1994年正式批準(zhǔn)該刊國內(nèi)外公開發(fā)行，并更名為《中醫(yī)文獻(xiàn)雜志》。

　　2003年該刊由原小16開改版為大16開，頁碼增至現(xiàn)在的56頁。從創(chuàng)刊之初的《杏苑》到公開發(fā)行的《中醫(yī)文獻(xiàn)雜志》，歷經(jīng)二十余年，為中醫(yī)藥文獻(xiàn)的研究整理、實踐應(yīng)用、臨診感悟提供了交流、展示平臺。擁有卷帙浩繁、門類廣博的中醫(yī)藥文獻(xiàn)典籍，是中華民族文化之精華。中醫(yī)文獻(xiàn)研究，途徑種種，或從校勘訓(xùn)詁，或以訓(xùn)解次注，或以分類摘編，或集各家之注，或為譯釋發(fā)揮，方法雖殊，然皆為保存、整理醫(yī)籍文獻(xiàn)所不可缺少。正是諸多先賢學(xué)者，鑒偽辨正，考鏡源流，輯佚修纂，才使浩如煙海的醫(yī)經(jīng)典籍得以保存流傳，垂世而久遠(yuǎn);醫(yī)道經(jīng)論得以昭明淵源，揭示真締。前輩名醫(yī)臨診集驗，是活的文獻(xiàn)，繼承、總結(jié)這些特色經(jīng)驗、學(xué)術(shù)思想，尤為當(dāng)務(wù)首要;承前啟后，指導(dǎo)臨床，岐黃之說得以歷代沿襲，使之盛世不衰，此古籍整理之重要、文獻(xiàn)研究之貢獻(xiàn)昭彰可明也。

　　該刊自1983年創(chuàng)刊以來，不斷豐富學(xué)術(shù)內(nèi)涵，拓展交流空間，開辟特色專欄，使之成為中醫(yī)藥文獻(xiàn)研究、源淵考證、真?zhèn)伪骅b、歷史追蹤、古今論道、醫(yī)海拾遺、學(xué)驗交流的特色期刊。2002年成為“中文科技期刊數(shù)據(jù)庫全文收錄期刊”;2003年成為“國內(nèi)學(xué)術(shù)期刊綜合評價數(shù)據(jù)庫刊源期刊”;后又成為“國內(nèi)核心期刊(遴選)數(shù)據(jù)庫收錄期刊”。是現(xiàn)今國內(nèi)單獨的一份中醫(yī)藥文獻(xiàn)專業(yè)類學(xué)術(shù)期刊，群芳爭嫣，一枝獨秀，她倍受國醫(yī)大師、文獻(xiàn)泰斗們的關(guān)注和支持，為業(yè)內(nèi)同行的首肯，得到廣大讀者的厚愛和青睞。

　　《中醫(yī)文獻(xiàn)雜志》是目前國內(nèi)單獨的一份中醫(yī)藥文獻(xiàn)研究專業(yè)期刊，季刊，國內(nèi)外公開發(fā)行。